ID設定したプログラムを書き込む際に起こる現象について

E8aと
Flash Development Toolkit 4.09 Basicを用いて
プログラム書き込みを行う際、以下の現象が起こります。

CPU（R5F212ACSNFP）に
任意のIDを設定したプログラムを書き込む。
↓
CPUの電源は落とさずに、ハードウェアリセットをかけてから、
上記と同じプログラムの書き込みを行う。
その場合、ID入力は要求されずに書き込みが完了する。
↓
上記のあと、一旦CPUの電源を落としてから、
同じプログラムの書き込みを行う。
すると、ID入力を要求される。


上記の現象について原因をご存じの方がいれば、
詳細をご教示いただけないでしょうか。

なお、弊方の予想は、
「一度書き込みが完了したCPUはブートROM領域のメモリ上に
\”ID照合OKフラグ(仮称)\”が立ち、電源を切るまでは
そのフラグが消えないため上記の現象が起こる」
と考えているのですが…

ちなみに、別のCPU(R5F2M110ANSP)でも
同様の現象が起こります。

ご回答よろしくお願い致します。