ループ処理の実行時間について

こんにちは。マイコン初心者です。

R8C/15を使ってLEDの点灯を繰り返そうと思っています。
Timerを使わずに、ソフトウェアタイマ（for文のカウントアップで、
wait時間を作ろうと考えていました。
例えば1msecの時間をfor文で作ろうと思い、20Msecのクロック選択なので、
20MHzのクロックなので、1/20M=50nsecとなり、
２００００倍にすれば１ｍsec近くになると思っていました。
しかし、サイクル数のシュミレーションをみると、32768サイクル（約20msec)という結果になっていました。。。
単純に20msec/32768＝610nなので1.6MHzがサイクル周波数となっています。
またシミュレータ同様にオシロでポートのON/OFFをオシロで確認すると、20msecぐらいかかっています。
クロックは初期化で20MHｚに設定していると思うのですが、
何が原因は考えらますでしょうか？お手数ですがアドバイスいただけると幸いです。

参考までにプログラム（開発環境はHEW4.0)と実行時間結果の様子をのせておきます。
デバッガーが原因かと思い切り分けを行うためにRUNモードでも確認しましたが動作は同じになりました。

R8CデータシートURL：http://documentation.renesas.com/doc/products/mpumcu/rjj09b0176_r8c14hm.pdf

作成プログラム↓

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#include "sfr_r815.h"

// メインクロック切替関数 20MHz
void set_MainCLK(void)
{
 prc0 = 1;      // プロテクト制御（書き換え許可）
 cm13 = 1;      // Xin-Xout端子切り替え
 cm05 = 0;      // Xin-Xoutメインクロック発振
 cm06 = 0;      // 8分周以外(分周なし)
 asm("nop");     // 発振の安定待ち
 asm("nop");     //　   （同上）
 asm("nop");     //　   （同上）
 asm("nop");     //　   （同上）
 ocd2 = 0;      // メインクロック選択
 prc0 = 0;      // プロテクト制御（書き換え禁止）
}

//メイン関数　Wait時間の確認 20000回のカウントアップで1msec
void main(void)
{
 int cnt;
 set_MainCLK();
 pd1_3=1;
 while(1)
 {
 p1_3=0;
 for(cnt=0; cnt<2000; cnt++); //wait 0.1msec
 p1_3=1;
 for(cnt=0; cnt<20000; cnt++); //wait 1msec
 }

}
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wait時間.pdf