RX651の入力信号が正しく読めない件について、アドバイスをお願いいたします。

初めましてSWRIと申します。

現在、RX651（型番R5F5651EDDFB）144PINを開発中なのですが、P20の入力が正しく読み取れません。

E2Lite（FINEモード）を使用して、PORT2.PIDR.BIT.B0をウォッチしているのですが、２，３秒おきにHIGH⇔LOWを繰り返しているような状況です。

（ウォッチしている値だけでなく、実際の基板動作もそれに追従しています）。

オシロで観測する限り、該当の端子はLOWで安定しています。

データシートでは、

「PORTm.PIDR レジスタを読むと、PORTm.PDR レジスタ、PORTm.PMR レジスタ の値に関係なく端子の状態が読めます」
とのことなのですが、一応、PDRの設定、PDRの設定は一通り試しました。
出力側の端子（PORT2.PODR.BIT.B0）は制御しておりません。

基板の電源、GNDは全て確認しました。

上記の内容以外のマイコン動作は、今のところ特に問題無さそうです（開発初期段階なので細かいところは判りませんが、タイマ割り込みは正常に動作します）。

上記の現象（実際の入力と、PIDRの値が乖離する）に思い当たることがあれば、お教えいただけると助かります。