e2 studioとSmart Configuratorの設定変更時に既存のプログラムを残す方法

最近、e2 studioでRXマイコンを触り始めたKame Kame Usagiです。

e2 Studio の Smart Configurator で設定を変更すると、ファイルに追加した内容が失われます。
e2 Studio の「スマート・コンフィグレータ」-「コンポーネント」-「コード生成設定」で「コンポーネントが存在する場合は何もしない」に設定（デフォルト）されていますが、別のモジュールを変更すると、変更していないモジュールに関するファイルの内容も失われてしまいます。
例えば、クロック設定を変更するとファイルが再生成され、A/Dコンバータ（CG）が生成したファイルに追記した内容が失われてしまいます。

また、プロジェクトをクリーンしてビルドしなおすと、自動的にファイルが再生成されるようで、CGが生成したファイルに追記した内容が失われてしまいます。

Smart Configurator の設定を変更したときに、追加したプログラムを残す方法はないのでしょうか。