コード生成された関数もすべてが使用されるわけではなく、CA78K0Rは使用されない関数もプロジェクトにあるものはすべてリンクする仕様らしいので、場合によっては生成された関数を削除するアドバイスもあっても良い気がします。
「メリークリスマス～」の例では R_INTC1_Start() と R_INTC1_Stop() がコード生成されて使用されていない関数であり、あとついでに LED_off() も使用されていないようです。