ARMマイコン工場出荷時のクロック設定

現在開発中の基板では、コストダウンの為ICLKやPCLK用のソースは内蔵のHOCOを使用し、外付けの水晶振動子(XTAL/EXTAL)は無しにしようと考えています。
それについて不安を感じるのは、マイコンを工場出荷時のまま基板に半田付けし、その後にプログラムをemulatorからマイコンにダウンロード・フラッシュメモリ書き込みが出来るかという点です。工場出荷時の初期設定が内蔵の発振器ではなくMOSC:メインクロック発振器(外付けの水晶振動子があるという前提)になっていると、全く機能しないのではと心配しています。この点、実機で確認されたことがある方に体験を教えて頂けると助かります。

以上、宜しくお願い致します。