上記のようなシステムがあったとしてUSBメモリを接続し画面をタッチすると内蔵ROMが更新されるという動作を実現したいと思います。
（図に起こし忘れましたが、ディスプレイはHDMIでボードPCに接続されています）
WindowsであればRenesas Flash Programmerをコマンドラインから動かせば難なく書き込めると思います。
ところがどっこいPCがLinuxに変更になりそうです。
が、Linuxの場合、書き込むためのソフトが無く、またUSBドライバーも無いのではないかと思います。
こういったものを自作することは可能なのでしょうか。
仮に自作出来たとしても、個人の技術力によると思いますが2～3日で実装できるような内容では無い気がします。
調査中ですが、何かこうしたことに詳しい方がいましたら、情報をいただければ幸いです。
よろしくお願いします。
LinuxのRX用書き込みソフトを公開している人がいるようです。「linux rxマイコン 書き込み」で検索するといくつか出てきます。但し接続はシリアルです。 某社（これ以上はここでは言えません）のマイコンはLinuxでの開発環境が充実しているのですが、ルネサスの場合は自己努力が必要ですね。
追記：USBで書き込もうとしている人もいるようです。libusbを使うと、LinuxからUSB制御ができるようです。