解決しました。
某ＣＦカードメーカーの技術者のご協力により、問題が分かりました。
/CEと/IORの信号で、/IORが立ち上がるタイミングと同じタイミングで/CEも立ち上がっているのが原因でした。
PCR(PCMCIA CONTROL REGISTER)に0x0000を設定していました。これを0x0011にすると、これまで試験した数社の１０枚のカード全てが上手く行きました。
さらに、別の原因も分かりました。
セクタを選択するコマンドを書き込んだ後の、ＣＦカードの応答に問題がありました。
コマンドを書き込んでも直ぐにDRQが'1'になりません。そのためカードエラーと判断していました。
そこで、DRQが'!'になるまで待って、コマンド終了フラグを設定すると、上手く行きました。
コントローラのバージョンアップで、こんなタイミングも変わってしまっていましたとは。