ドキュメント『E2エミュレータ, E2エミュレータLiteユーザーズマニュアル別冊 (RA接続時の注意事項)』の『2.4.3. JTAG接続』を参照しますと、TCKやTDI信号等がプルアップされておりません。RXでは同信号のプルアップが指定されていたのですが、RAではプルアップ不要となったのでしょうか。
https://www.renesas.com/jp/ja/document/mat/e2-emulator-e2-emulator-lite-additional-document-users-manual-notes-connection-ra-devices
おそらくですがマイコンのリセット後のポート状態でプルアップがあるからだと思います。ご使用のRA品番のユーザーズマニュアルでJTAGピンのリセット後の状態が確認できます。TCLK（SWCLK）についてARMは100kプルダウンを推奨しているのにRAでは内部プルアップなのはなぜ？という疑問はあります。developer.arm.com/.../ARM-Standard-JTAG
ご回答ありがとうございます。
ユーザーマニュアル確認するようにいたします。
『RA4E1 グループ ユーザーズマニュアル ハードウェア編』のバウンダリスキャンの章に以下のような記述がありました。
33.3 動作 リセット時に、JTAG ポートのTCK、TMS、TDI、およびTDO がデフォルトの端子機能として割り当てられます。TCK、TMS、およびTDI 端子はプルアップ抵抗器によってプルアップします。パワーオンリセットがネゲートされ、RES 端子がLow の場合に、セットアップ時間が経過した後にバウンダリスキャンテストを行うことができます。
「～プルアップ抵抗によってプルアップします」とありますので、MCU内部でやってくれていると期待することにします。