チップ：R7FA2E1A93CFM、FSP：5.2.0でGTIOC4A(P109)のPWNのデューティが変化しません。
同じ設定、同じソースでGTIOC5A(P103)、GTIOC7A(P302)は変化するが、
GTIOC4A(P109)とGTIOC6A(P111)とGTIOC8A(P101)は変化しません。
Saw-wave PWMの設定で周期は200usec、ソースは以下の通りごく単純です。
R_GPT_Open(&g_timer4_ctrl, &g_timer4_cfg);
R_GPT_Start(&g_timer4_ctrl);
R_GPT_DutyCycleSet(&g_timer4_ctrl, 100, PWM4);
以上
実際にRA2E1のボードで実行してみましたが、
GTIOC4A(P109),GTIOC6A(P111),GTIOC8A(P101)
どの端子も、
・PWM波形が出力される
・デューティの設定も反映される
という結果でした。特に、GPT4,6,8（偶数番号のGPT？）が動かないという動作は見られませんでした。
・g_timer5_ctrl とGPT5は無関係
→r_gptのGeneral-Channelの番号とGPT?が対応する
API関数に与える「&g_timer4_ctrl」この部分と、Channelの対応が違っていたりしないでしょうか。
・R_GPT_DutyCycleSetの引数
R_GPT_DutyCycleSet(&g_timer4_ctrl, 100, PWM4);の第3引数（この場合はPWM4）は、0を与えていますでしょうか。GTIOC?A側の端子を操作する場合は、第3引数は0だと思います。
第３引数のuint32_t const pinをゼロにするとＡから全チャンネル正常出力出来ました。ピン名のシンボルじゃないのですね。
FSPユーザーズマニュアルのR_GPT_DutyCycleSet APIの説明通り、第三引数"pin"には列挙型"gpt_io_pin_t"の定義を入力します。例えば、GTIOCxAのデューティー比を変更する場合はGPT_IO_PIN_GTIOCA（= 0）を使用します。
・R_GPT_DutyCycleSet APIの説明： https://renesas.github.io/fsp/group___g_p_t.html#gad14bacf6fb7fce88f3e877160be529ea・列挙型"gpt_io_pin_t"定義： https://renesas.github.io/fsp/group___g_p_t.html#gaabd4a03d16b1b4254cc44c7779f44c60 https://github.com/renesas/fsp/blob/master/ra/fsp/inc/instances/r_gpt.h#L33