掲題の件、USBブートによる書き込みに関しての質問なのですが、
本機能にはハードウェア・マニュアルに以下のような注意事項の記載があります。
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62. フラッシュメモリ(FLASH)
62.20.7 ブートモード(USB インタフェース) における注意事項 ブートモード(USB インタフェース) で使用可能な発振子は、周波数が20MHz、24MHz、かつ発振子メーカーのマッチングテスト結果( 推奨設定値) でメインクロック発振器ドライブ能力2 切り替えビット(MOFCR.MODRV2[1:0]) が“00b” の設定値のみです。
この記述の中に、
「ブートモード(USB インタフェース) で使用可能な発振子は、周波数が20MHz、24MHz」
とありますが、これは外部入力クロック（発振器／オシレータ）の場合、この制限はどうなるのでしょうか？
EXTALだけ繋いで、XTALは使わない場合の質問ということですよね？入力周波数条件は内部PLL設定可能範囲に関係しますのでマイコンの仕様上の最大周波数が設定できる「20MHzか24MHz」以外の組み合わせには対応しないということだと思います（ブートモードはHOCOだけ使えばいいじゃんって気もしますが）。
注意事項の条件は「XTALピンのドライブ能力設定が固定であるという条件があります」という話だろうと思います（ブートモードは埋め込み済みプログラムですから）。発信器の場合、XTALはオープンになるので注意事項のドライブ能力はそもそも関係ないです。