自動で特定のファイルだけ最適化を無効にしてビルドする方法

プロジェクトツリーの「CC-RX（ビルドツール）」より、「共通オプション」タブの「その他－ビルド前に実行するコマンド」で、事前に対象のCソースだけ最適化レベル０でコンパイルさせてみるのは、いかがでしょう？

確かにその手は考えていませんでしたが、そうなると自分のやりたい自動化としては指定のファイルに対して最適化レベルを0でコンパイルするような「ビルド前に実行するコマンド」を生成してビルドツールのオプションに設定するところまでを自動で行う必要があります。
また、以前試したこととして、クリーンした後に全体を最適化レベル0にした状態で指定ファイルだけをビルドし、再度全体を最適化レベル2にしてビルドすると最適化レベル0でビルドしたものが上書きされてしまうということが発生したので、ご提案して頂いた手法もうまくいかないかもしれません。

コンパイル済みファイルの最適化レベルの情報が、今回のビルドでの指定と異なるため、「ビルド対象」に含まれる、ということでしょうか。
それであれば、ビルド処理の「コンパイル」と「リンク」の間で、最適化０コンパイルを実行させれば良いかもしれません。
共通オプションではなく、コンパイルオプションの「コンパイル後に実行するコマンド」か、リンクオプションの「リンク前に実行するコマンド」が該当するのではないでしょうか。

コンパイル済みファイルの最適化レベルの情報が、今回のビルドでの指定と異なるため、「ビルド対象」に含まれる、ということでしょうか。
それであれば、ビルド処理の「コンパイル」と「リンク」の間で、最適化０コンパイルを実行させれば良いかもしれません。
共通オプションではなく、コンパイルオプションの「コンパイル後に実行するコマンド」か、リンクオプションの「リンク前に実行するコマンド」が該当するのではないでしょうか。