コード生成ツールの使用/未使用でマイコンの動作が変わるのか

初めて当フォーラムを利用します。peterです。よろしくお願いします。

機能追加のためのコード改造作業をするにあたって、はじめてCS+を使用しました。

ピン配置の変更があったため、①コード生成ツールを使ってコードを作成 -> ②プロジェクトをビルド -> ③マイコンに書き込んで実行したところ、正常に動作しませんでした（マイコン -> 外部機器へのデータ送信ができない）。

試行錯誤の末、以下の手順でプロジェクトを作成することで正常な動作を確認できました。

1. 改造前のプロジェクトを2つ用意する（以下、プロジェクトAとB）
2. プロジェクトAでコード生成ツールを使用
3. プロジェクトAのコードファイルをすべてコピーして、プロジェクトBに移植
4. プロジェクトBをビルド
5. プロジェクトBのmotファイルをマイコンに書き込んで実行

プロジェクトAとプロジェクトBの違いは、コード生成ツールの使用/未使用だけです。

同じコードを同じバージョンのビルドツールでビルドしたのに、マイコンに書き込んだ後の挙動が異なることに混乱しています。

どうしてこのような現象が起こるのか、ご教授お願いいたします。

※バージョン情報

パッケージバージョン　V４.08.00 [０８Nov 2022 ]

バージョン　V5.08.00.01 [18 Oct 2022 ]

ビルド・ツール　CA78K0R V1.72