ｽﾏｰﾄ・ｺﾝﾌｨｸﾞﾚｰﾀ(CS+)でｺｰﾄﾞ自動生成すると、r_bsp内のﾌｧｲﾙが消える

NoMaYさま

ご無沙汰しており申し訳ございません。
諸事情で会社を離れてましたが、やっと復職できました。

本件ですが、未だ解決に至っておりませんので
引き続き質問させていただきたく、よろしくお願いいたします。

以下に現象をまとめました。
１．スマートコンフィグレータで何も追加せず（元のまま）、コード自動生成
２．プロジェクトツリー内のファイルの一部（main, ICU/PORTのuser.c/.c,など）が赤く表示され
　　クリックすると「他のプログラムで変更されたので再度読み込むか？」聞かれ、
　　再度読み込むとファイルverは変わらず、日付だけ更新される
３．ビルドすると、エラー「F0520005」(ソースファイルを開けない)が発生する。

質問した当初と状況が違くなっており、申し訳ございません。
また、ウイルスソフトですが、会社ＰＣなので私ではいじることができません。。。
この、エラー「F0520005」が何故出てくるのかが根本的な原因と思うのですが
自分で調べた限りでは解決方法が見当たらず、お力添えお願いいたします。