ブートモード（SCIインタフェース）とJTAG接続は同じ端子設定では行えないでしょうか。
ブートモード（SCIインタフェース）を使いたいのですが、E2エミュレータをJTAG接続する場合はPF0/TDOとPF2/TDIが
TXD1 とRXD1と競合してしまいます。
ブートモード（SCIインタフェース）とE2エミュレータ（JTAG）接続時にそれぞれ端子機能を設定し直す必要があるという認識でよろしいでしょうか。
ブートモード（SCIインタフェース）の場合はJTAG接続と端子が競合してしまうため、JTAG接続する場合はブートモード（USBインタフェース）を推奨されるということでしょうか
よろしくお願いいたします。
端子名からすると、RX600系かRX700系のマイコンを使われているのかと思います。
・JTAG接続時使用する端子
(1)TCK/PF1
(3)TRST/PF4
(5)TDO/PF0/TXD1
(9)TMS/PF3
(11)TDI/PF2/RXD1
・SCIブートモードで使用する端子
（括弧内は、14Pコネクタのピン番号）
JTAG接続で使用する端子と、SCIブートモードで使用する端子は決まっています（他の端子にアサインする事は出来ません）。
JTAG接続と、SCIブートモードを「同時に」使う事はない（と思いますが）。
ユーザがプログラムで、PF0,PF2端子を「JTAG機能」に割り付けたり、「SCIブートモード機能」に割り付ける事は必要ありません。
EMLE=Hとすると、上記の端子はJTAGに設定されます。EMLE=Lで、MD=Lでリセット解除すると、PF0,PF2はSCIブートモードで使用する端子に設定されます。
E2エミュレータ接続時、デバッガ接続を行うとJTAG接続となります(*)。E2＋RenesasFlashProgrammerで2-wireUARTを選択して接続(*)した場合や、MD=Lでリセット解除した場合は、SCIブートモードになります。
(*)どちらの場合も、（マイコンの種類によっては）別な通信方式であるFINE接続も選択可能です
デバッガ接続時はPF0,PF2をJTAG接続で使用して、プログラム書き込み時はPF0,PF2をSCIブートモードで使用する事となります。
JTAG接続とSCIブートモードは、（時間的に同じタイミングで使う事がないので）共存可能です。